Ενώ το Shopify προσφέρει μεγάλη ευελιξία για προσαρμογή (custom αλλαγές), ενδέχεται να υπάρχουν ορισμένοι περιορισμοί ανάλογα με το εκάστοτε theme και την τεχνική σας εμπειρία. Ωστόσο, υπάρχουν πολλές διαθέσιμες εφαρμογές και υπηρεσίες τρίτων για να σας βοηθήσουν να επιτύχετε την επιθυμητή προσαρμογή, ενώ μπορείτε να απευθυνθείτε και σε Shopify Experts ή developers.